Фото ВАЗ 2170 | |
Автомобиль Лада Приора (ВАЗ 2170), который пришел на смену «десятке», впервые был представлен на 6-м Российском международном автомобильном салоне «Автосалон-2003». Это седан класса «С», базовая модель нового семейства переднеприводных автомобилей, разработанных на платформе ВАЗ 2110. В «Приоре» около 350 оригинальных деталей и узлов, что позволяет говорить об этом автомобиле как о новой модели, сообщается в пресс-релизе. Отчасти идеи, используемые в оформлении ВАЗ 2170, были обкатаны на модернизированных ВАЗ 2110Т и ВАЗ 2110М. Главное отличие рестайлингового автомобиля от стандартного заключается в измененной внешности, причем основной упор сделан на передней части, где появились новые фары от Шеви-Нивы. У автомобиля новый капот и передние крылья, которые получили расширенные арки с жесткой ребордой, чтобы шины не задевали за крыло. Облицовка радиатора разработана заново, окрашена в цвет кузова с накладными хромированными деталями. Задний бампер тоже новый. | |
Характеристика ВАЗ 2170 | |
Автомобиль ВАЗ | 2170 |
Кузов | |
Тип кузова | седан |
Число мест | 5 |
Число дверей | 4 |
Габариты | |
4350 | |
Ширина, мм | 1680 |
Высота, мм | 1420 |
Колесная база, мм | 2492 |
Колея колес спереди, мм | 1410 |
Колея колес сзади, мм | 1380 |
Шины | 185/65 R14; 175/65 R14; 185/60 R14 |
Снаряженная масса, кг | 1088 |
Полная масса, кг | 1578 |
Объем багажника, л | 430 |
Объем топливного бака, л | 43 |
Двигатель | |
Модель двигателя | 1,6 л. 16-кл. (Евро-3) |
Тип двигателя | бензиновый, четырехтактный |
Объем двигателя, см³ | 1596 |
Мощность, л.с./об.мин | 72/5600 |
Крутящий момент, Н·м/об.мин | 145/4000 |
Наддув | — |
Клапанов на цилиндр | 4 |
Система питания | распределенный впрыск с электронным управлением |
Скорость | |
Максимальная скорость, км/ч | 183 |
Топливо | |
Марка топлива | неэтилированный бензин АИ-95 |
Расход, л/100 км | 7,2 |
Привод | |
Тип привода | передний |
КПП | |
Механическая | 5 |
Автоматическая | — |
Модель, заменившая ВАЗ-2110, будет стоить около $10 тыс. :: Экономика :: РБК
Напомним, что вчера АвтоВАЗ объявил о прекращении производства модели «Лада-21093». Как сообщили в пресс-службе предприятия, последняя «девятка» сойдет с главного конвейера Волжского автозавода 31 марта 2004г.
Прекращение производства данной модели является очередным этапом реализации программы технического переоснащения производства и полной смены ныне выпускаемого модельного ряда, сообщил РБК представитель предприятия. Одновременно на заводе будет увеличен выпуск рестайлинговых вариантов хэтчбеков «Лада-114» и седанов «Лада-115» (семейство «Самара-2»). Это связано с тем, что покупатели все больше предпочитают автомобили семейства «Самара-2» их предшественникам.
Всего до конца года планируется произвести около 190 тыс. автомобилей «Лада-114» и «Лада-115». Отметим, что «Лада-21093» выпускается на Волжском автозаводе с 1987 года, и за 17 лет с конвейера сошло около 1,5 миллионов «девяток».
В дальнейшем сборка данной модели будет производиться только на украинском ЗАЗ, где организована сборка полного цикла, включая сварку и окраску. До конца этого года «АвтоВАЗ» планирует поставить на ЗАО «ЗАЗ» около 20 тыс. машинокомплектов «Лада-21093».
Опоры для ЛАДА Приора (ВАЗ 2170) от SS20 серии Мастер
Силовая схема опоры SS20 Мастер для автомобилей ЛАДА Приора предусматривает разделение нагрузок от веса автомобиля и от амортизаторов. Нагрузки от штока амортизаторных стоек и отбойников воспринимает демпфер опоры, а вес автомобиля воспринимается через пружинную чашку упорным подшипником. Подобное разделение нагрузки позволяет достичь высокой надежности, как и во всех опорах SS20.
Корпус опоры имеет загиб под углом 90°, который играет роль ребра жесткости. Подобная конструкция создает повышенное сопротивление корпуса опоры на изгиб, а также плоскости прилегания ее корпуса к стакану кузова, когда она установлена на автомобиле. Это защищает стакан кузова от выдавливания (деформации плоскости прилегания), что более вероятно при эксплуатации с опорами штатной конструкции.
Опора комплектуется более надежным обрезиненным упорным подшипником SS20. Обоймы подшипника SS20 снаружи имеют обрезинивание, толщиной до 5 мм, что дополнительно увеличивает виброизоляцию кузова от подвески. Кроме того подшипник SS20 имеет повышенную грузоподъемность по сравнению со штатным. Конструкция подшипника опоры SS20 предусматривает надежную защиту от попадания грязи, так как имеет резиновую уплотняющую манжету подобную сальнику.
Схема работы опоры SS20 для LADA Priora.
В области А резина работает на сжатие, в области В — на сдвиг, в области С на сжатие и растяжение, что обеспечивает поглощение вибраций.
Икс-образный демпфер блокирован от вырывания при критических ударах и обеспечивает надежность в работе резинового элемента. Надежность демпфера увеличена благодаря уникальной и специально разработанной рецептуре резиновой смеси.
Верхняя ограничительная чашка опоры SS20 для Лада Приора плавно вступает в работу за счет наличия 12-ти пазового оребрения верхней части демпфера, в отличии от 8 пазов штатной опоры. Это обеспечивает лучшее гашение вибраций при перемещении колеса вниз при попадании в ямы и более мягкое восприятие неровностей на дорогах, что снижает нагрузки на амортизаторы и увеличивает их срок службы.
Обратите внимание!- Опора SS20 Мастер для автомобилей ВАЗ 2170 комплектуется верхней ограничительной чашкой SS20.
- Для опоры SS20 для автомобилей ВАЗ 2170 нижняя ограничительная чашка не устанавливается.
- При установке опор SS20 Мастер для автомобилей ВАЗ 2170 геометрические параметры подвески (угол Кастора и поперечный угол наклона стойки) не изменяются, то есть остаются штатными и соответствуют требованиям завода изготовителя автомобиля.
Маркировка
Новые автомобили ВАЗ — Lada 2170 (Lada Priora) » Авто-реактор
Lada 2170 (Lada Priora) — переднеприводный пятиместный четырёхдверный седан. Впервые Лада Приора была представлена на автосалоне в Москве в 2003 году под названием «Проект-2170». Серийное же производство автомобиля пришедшего на смену модели
В состав базовой комплектации входят:
Иммобилайзер, Аудиоподготовка, Регулируемая рулевая колонка, Центральный замок, Электростеклоподъемники передние, Электропривод зеркал.
Стоимость автомобиля Лада Приора в разных автосалонах колеблется от $ 9 500 до $ 10 500.
Выпускается Лада Приора 2170 в двух комплектациях.
Первая комплектация Лада Приора 2170
Технические характеристики Lada 21703 1.6 MT 114
Кузов
Количество дверей: 4
Тип кузова: Седан
Количество мест: 5
Двигатель
Объем двигателя, куб. см: 1596
Количество цилиндров: 4
Количество клапанов: 16
Мощность, л.с. при об/мин: 98 при 5600
Крутящий момент, Нм при об/мин: 145 при 4000
Система питания: Распределенный впрыск
Топливо: Бензин
Габаритные размеры, масса и объемы
Длина, мм: 4350
Ширина, мм: 1680
Высота, мм: 1420
Колесная база, мм: 2492
Колея передних колес, мм: 1410
Колея задних колес, мм: 1380
Клиренс, мм: 165
Снаряженная масса, кг: 1088
Объем багажника, л: 430
Объем топливного бака, л: 43
Трансмиссия
Коробка передач: Механическая
Число передач: 5
Тип привода: Передний
Рулевое управление
Усилитель руля: Электроусилитель
Диаметр разворота, м: 10.40
Ходовая часть
Тормоза передние: Дисковые вентилируемые
Тормоза задние: Барабанные
Шины: 175 /70R14
Расход топлива и токсичность
Городской цикл, л/100 км: 9.05
Загородный цикл, л/100 км: 6.29
Смешанный цикл, л/100 км: 7.50
Нормы токсичности Euro: Euro III
Динамические характеристики
Время разгона до 100 км/ч, с: 12
Гарантия
Период, мес.: 36
Пробег, км: 50000
Комплектация Lada 21703 1.6 MT 114
Системы активной и пассивной безопасности
Подушка безопасности водителя (Airbag)
Противоугонное оборудование
Иммобилайзер
Интерьер
Аудиоподготовка
Регулируемая рулевая колонка
Центральный замок
Электростеклоподъемники передние
Экстерьер
Легкосплавные диски
Электрооборудование
Кондиционер
Электропривод зеркал
Вторая комплектация Лада Приора 2170
Кузов
Количество дверей: 4
Количество мест: 5
Двигатель
Объем двигателя, куб. см: 1596
Количество цилиндров: 4
Количество клапанов: 16
Мощность, л.с. при об/мин: 98 при 5600
Крутящий момент, Нм при об/мин: 145 при 4000
Система питания: Распределенный впрыск
Топливо: Бензин
Габаритные размеры, масса и объемы
Длина, мм: 4350
Ширина, мм: 1680
Высота, мм: 1420
Колесная база, мм: 2492
Колея передних колес, мм: 1410
Колея задних колес, мм: 1380
Клиренс, мм: 165
Снаряженная масса, кг: 1088
Полная масса (максимально допустимая), кг: 1578
Объем багажника, л: 430
Объем топливного бака, л: 43
Трансмиссия
Коробка передач: Механическая
Число передач: 5
Тип привода: Передний
Рулевое управление
Усилитель руля: Электроусилитель
Диаметр разворота, м: 10.40
Ходовая часть
Тормоза передние: Дисковые вентилируемые
Тормоза задние: Барабанные
Шины: 175 /70R14
Расход топлива и токсичность
Городской цикл, л/100 км: 9.05
Загородный цикл, л/100 км: 6.29
Смешанный цикл, л/100 км: 7.50
Нормы токсичности Euro: Euro III
Динамические характеристики
Максимальная скорость, км/ч: 183
Время разгона до 100 км/ч, с: 12
Гарантия
Период, мес.: 36
Пробег, км: 50000
Комплектация Lada 21703 1.6 MT
Системы активной и пассивной безопасности
Подушка безопасности водителя (Airbag)
Противоугонное оборудование
Иммобилайзер
Интерьер
Аудиоподготовка
Регулируемая рулевая колонка
Центральный замок
Электростеклоподъемники передние
Экстерьер
Легкосплавные диски
Электрооборудование
Электропривод зеркал
Первая комплектация Лада Приора стоит примерно на $ 1 000 дороже.
Запись опубликована 23.11.2008 в 1:17 и размещена в разделе ВАЗ. Вы можете читать комментарии, используя RSS-ленту. Обсуждение закрыто, но Вы можете отправить трекбек с Вашего сайта.
S2170 | Ибанез Вики | Фэндом
S2170 Пурпурный хамелеон |
S2170 — цельнокорпусная модель электрогитары серии S, представленная Ibanez в 2008 году. Она производится в Южной Корее как часть высококлассной линейки Prestige.
S2170 имеет корпус из красного дерева, прикрученный к грифу Wizard II из клена и бубинги, с 22-ладовой накладкой из розового дерева с окантовкой и специальной вставкой только на двенадцатом ладу.Компоненты включают тремоло-мост ZR с двойной блокировкой с шарниром на шарикоподшипниках и стабилизатор настройки ZPS2, звукосниматели Dimarzio IBZ с парой хамбакеров по бокам сингла и тюнинговые машины Gotoh.
Модель S2170 похожа на модели S2170FB и S2170FW, представленные ранее, но не имеет декоративной фигурной деревянной поверхности. Вместо этого на корпус и переднюю бабку нанесено покрытие «вьетнамки».
S2170 был снят с производства после 2008 года вместе со всеми южнокорейскими моделями Prestige в пользу Prestige японского производства.
Технические характеристики
Технические характеристики S2170
| |||||||||||||||||
|
|
Источники
FRET-повышенная фотостабильность позволяет улучшить отслеживание отдельных молекул белков и белковых комплексов в живых клетках млекопитающих.
Анализ структуры белка
Данные опубликованных кристаллических структур были проанализированы с использованием пакета UCSF Chimera 55 . Программное обеспечение Chimera также использовалось для создания рисунков для этой статьи. Список проанализированных белковых структур выглядит следующим образом: mEos3.2 (PDB ID: 3P8U) 56 , HaloTag (PDB ID: 4KAA) 57 , тег SNAP (PDB ID: 3KZZ) 58 и нуклеосома CENP-A (PDB ID: 3AN2) 44 .
Экспрессия белков mEos3.2-HaloTag и HaloTag-SNAP-tag
Конструкция mEos3.2-HaloTag была клонирована из плазмид, содержащих mEos3.2 59 и HaloTag (Promega), слитых через короткий линкер (Leu- Glu-Gly-Ser) и вставляли в расщепленный EcoRI / HindIII экспрессионный вектор pET30a с использованием набора для клонирования In-Fusion HD (Clontech).Таким же образом клонировали конструкцию HaloTag-SNAP. Затем проводили сайт-направленный мутагенез вектора mEos3.2-HaloTag для создания слитой конструкции с другой длиной линкера (ΔARRELEGSE).
His-tagged конструкции mEos3.2-HaloTag и HaloTag-SNAP были экспрессированы в клетках E. coli BL21 (DE3) pLysS путем выращивания литра клеток из 50-мл заквасочной культуры до OD 600 нм 0,7–1,0 в среде LB, содержащей 35 мкг / мл канамицина и 34 мкг / мл хлорамфеникола, перед индукцией экспрессии с использованием 1 мМ IPTG (Melford Laboratories Ltd) в течение 4 ч при 25 ° C.Клетки осаждали и хранили при -20 ° C. Для очистки белка клетки быстро размораживали при 37 ° C и ресуспендировали в трех объемах буфера для лизиса (50 мМ Hepes pH 7,5, 300 мМ NaCl, 5% глицерин и коктейль ингибиторов протеазы (Roche)) на объем осадка. Затем ресуспензию клеток обрабатывали ультразвуком в течение 13 минут с амплитудой 33% (5 секунд при включении и 10 секунд после выключения) с использованием Sonic Dismembrator (модель 505, Fisher Scientific), остатки клеток осаждали, собирали лизат белка и фильтровали через фильтр 0,45- мкм фильтр.
Слитые белки сначала очищали с помощью аффинной хроматографии на никеле. Лизат белка ресуспендировали в 5 мл суспензии шариков 50% Ni-нитрилотриуксусной кислоты (Ni-NTA) (Qiagen), предварительно уравновешенной в буфере (50 мМ NaH 2 PO 4 , 300 мМ NaCl, pH 8,0) и вращали в течение ночи при 4 ° C. Слитый белок очищали с использованием гравитационной колонки объемом 20 мл (Bio-Rad), промывали тремя объемами колонки промывочного буфера (50 мМ NaH 2 PO 4 , 300 мМ NaCl, 5 мМ имидазол, pH 8.0) и, наконец, элюировали 10 мл буфера для элюции (50 мМ NaH 2 PO 4 , 1 М NaCl, 250 мМ имидазол, pH 8,0). Затем белок диализовали (в 50 мМ NaH 2 PO 4 , 1 М NaCl, pH 8,0) для удаления имидазола с использованием Vivaspin 500 с отсечкой по молекулярной массе (MWCO) 5 кДа (Sartorius Stedim Biotech). Затем слитый белок дополнительно очищали гель-фильтрацией в буфере, состоящем из 50 мМ NaH 2 PO 4 и 1 М NaCl (колонка 75 мл Sephadex200, GE Healthcare).Для проверки массы белка (65096,8 Да) проводили масс-спектрометрию, а для определения его концентрации использовали аминокислотный анализ. Белок хранили в аликвотах по 500 мкл с концентрацией 1 мг / мл при -80 ° C и повторно очищали с использованием эксклюзионной хроматографии перед маркировкой красителя. Слитые белки (5–10 мкМ) метили лигандами HaloTag-dye или SNAP-tag-краситель путем их реакции в эквимолярном соотношении при комнатной температуре в течение 1 ч перед очисткой с использованием гравитационной колонки Illustra Nap-5 (GE Healthcare ).Масс-спектрометрия подтвердила, что метка близка к 100%.
Красители HaloTag или SNAP-tag PA-JF 549 и JF 646 были любезным подарком от Люка Д. Лависа (HHMI) 60 .
Характеристика спектров объемной флуоресценции
Спектры объемной флуоресценции были получены с помощью mEos3.2 или PA-JF 549 с красителем JF 646 или без него (15–25 мкМ) с использованием флуоресцентного спектрофотометра (Cary Eclipse). Образец помещали в кварцевую кювету (Hellma Analytics, 3 × 3 мм).Чтобы определить фактическую эффективность FRET белков mEos3.2-HaloTag с различными красителями, спектры излучения были собраны после возбуждения при 532 нм и регистрации флуоресценции в диапазоне длин волн (550-800 нм). Эффективность FRET ( E ) была рассчитана с использованием стандартного уравнения (уравнение 1):
$$ E = 1 — \ frac {{I _ {\ rm D} \ prime}} {{I _ {\ rm D}} }, $$
, где \ (I _ {\ rm D} \) — интенсивность флуоресценции одного донорного флуорофора (mEos3.2), а \ (I _ {\ rm D} \ prime \) — интенсивность флуоресценции донор в присутствии акцептора (mEos3.2 \) — фактор ориентации диполя (\ (\ frac {2} {3} \) для свободно вращающихся донорных и акцепторных флуорофоров), \ (Q _ {\ rm D} \) — квантовый выход донора mEos3.2 или PA-JF 549 флуорофоров (0,55 и 0,88 соответственно), n — показатель преломления среды (1,33), а J — интеграл спектрального перекрытия между донорами mEos3.2 или PA-JF 549 и акцепторный JF 646 спектры, рассчитанные на разных длинах волн λ с использованием коэффициента экстинкции \ ({\ it {\ epsilon}} _ {\ rm A} \) акцептора JF 646 красителя (максимальное значение 152000 M −1 см −1 ) (Ур.4 \ mathrm {d} \ lambda. $$
Визуализация времени жизни флуоресценции
Измерения временного коррелированного подсчета одиночных фотонов (TCSPC) были выполнены на системе Leica SP8 STED 3 ×, дополнительно оснащенной программным обеспечением Single Molecule Detection (SMD) (SymPhoTime версия 5.3.2.2) и оборудование (PicoHarp 300; PHR 800) от PicoQuant. Возбуждение флуоресценции в этой системе осуществлялось с помощью настраиваемого импульсного (80 МГц) лазера белого света (WLL; Super-K; NKT Photonics), в то время как обнаружение флуоресценции осуществлялось с помощью внутреннего гибридного детектора одиночных молекул (Leica HyD SMD).Возбуждение донора осуществляли на длине волны 561 нм с полосой обнаружения 570-620 нм и с использованием водно-иммерсионного объектива 20 × 0,75 NA (HC PL APO CS2) с коэффициентом масштабирования 1 × и скоростью сканирования 400 Гц. , и с накоплением кадров 25 изображений. Фотоактивация / преобразование достигались с использованием лазера 405 нм в течение 1 мин при мощности активации 1,75 кВт / см 2 в фокальной плоскости объектива до измерения срока службы. Увеличение эмиссии доноров произошло после активации / конверсии, как и ожидалось.Измерения FLIM проводили в трех экземплярах до и после активации / конверсии очищенного белка в 50 мМ NaH 2 PO 4 , 1 М NaCl, pH 8,0 на 8-луночных μ-слайдах со стеклянным дном (iBidi). Белок прикрепляли к покровному стеклу путем инкубации с поли-L-лизином (Sigma Aldrich) в течение 30 минут, а затем с 5–10 мкМ белка в течение 10 минут. Буфер был заменен для удаления плавающего белка, а затем визуализация прикрепленного белка была проведена путем фокусирования на покровном стекле. Присоединение было подтверждено визуализацией, чтобы гарантировать, что фотопреобразованные молекулы не диффундируют с течением времени.
Данные о распаде TCSPC после активации / преобразования анализировали с использованием программного обеспечения SymPhoTime (версия 2. {- t / \ tau _i} $$
где I Bkgd — смещение интенсивности для подсчета фона, а \ (\ alpha _i \) и \ (\ tau _i \) — значения амплитуды и времени жизни для i -й экспоненты, где мы сравнивали соответствия для 1 ≤ i ≤ 3 (т.е.е., моно-, би- и трехэкспоненциальные аппроксимации). Впоследствии мы определили относительную вероятность для каждой модели для каждого набора данных с помощью байесовского информационного критерия (BIC) 62,63 . Короче говоря, используя этот подход, мы рассчитали BIC для каждой модели из (Ур. 6)
$$ \ mathrm {BIC} = \ ln [n] (p + 1) + n \ left ({\ ln \ left [{\ frac {{2 \ pi {\ rm RSS}}} {n}} \ right] + 1} \ right), $$
, где n — количество точек данных, p — это количество свободных параметров для подгонки, а RSS — остаточная сумма квадратов подбора.Впоследствии мы определили относительную вероятность для каждой модели для каждого набора данных из (Уравнение 7):
$$ {\ mathrm {Relative}} \; {\ mathrm {Likelihood}} = {\ mathrm {Exp}} \ left [{ \ frac {{{\ mathrm {BIC}} _ {{\ mathrm {Min}}} {\ mathrm {(модель) -}} {\ mathrm {BIC (модель)}}}} {2}} \ right] . $$
Данные для mEos3.2 с JF 646 и без него и PA-JF 549 с JF 646 и без него можно описать двумя сроками службы. Мы определили эффективность FRET ( E ), используя среднее время жизни флуоресценции (уравнение.8):
$$ E = 1 — \ frac {{\ tau _ {{\ rm DA}}}} {{\ tau _ {\ rm D}}}, $$
где \ (\ tau _ {\ rm D} \) — средневзвешенное по амплитуде время жизни флуоресценции только донорного флуорофора (mEos3.2 или PA-JF 549 ), а \ (\ tau _ {{\ rm DA}} \) — амплитуда средневзвешенное время жизни флуоресценции донора в присутствии акцептора (mEos3.2 – JF 646 или PA-JF 549 –JF 646 ).
Установка микроскопа
В этой работе использовались две сделанные на заказ установки микроскопа, обе из которых описаны ниже.Таблицу с подробным описанием конкретных параметров, используемых для каждого эксперимента, можно найти в дополнительной информации.
Микроскоп 1: использовался инвертированный микроскоп IX71 Olympus с лазерными лучами с круговой поляризацией, выровненными и сфокусированными на задней апертуре масляного объектива Olympus 1,49 NA 60 × (Plan Apochromat 60 × NA 1,49, Olympus APON 60XOTIRF). Используемые источники света диодных лазеров с непрерывной длиной волны включают 561 нм (Cobolt, Jive 200, 200 мВт) и 405-нм лазер (Oxxius, LaserBoxx 405, 100 мВт).Полное внутреннее отражение достигалось за счет смещения лазера от оси таким образом, чтобы выходящий луч на границе раздела образцов был почти коллимированным и падал под углом, превышающим критический угол θ c ~ 67 ° для границы раздела стекло / вода для Визуализация TIRF и немного меньше θ c для визуализации с косоугольным освещением. Это создавало след возбуждения диаметром ~ 50 мкм. Для TIRF плотность мощности на покровном стекле для лазера 561 нм была рассчитана приблизительно равной 0.4 кВт / см 2 измерено с помощью лазерного луча при эпи-освещении. Для косоугольного освещения мощность коллимированных лучей на задней апертуре микроскопа составляла 10 кВт / см 2 и 10–100 Вт / см 2 для лазерных лучей 561 нм и 405 нм соответственно. Лазеры отражались дихроичными зеркалами, которые также отделяли собранное флуоресцентное излучение от пучка TIR (Semrock, Di01-R405 / 488/561/635). Эмиссия флуоресценции собиралась через тот же объектив, а затем дополнительно фильтровалась с использованием комбинации длиннопроходных и полосовых фильтров (BLP01-561R и FF01-587 / 35 для возбуждения 561 нм).Эмиссионный сигнал расширялся с помощью расширителя ахроматического луча 2,5 × (Olympus, PE 2,5 × 125) и, наконец, проецировался на EMCCD (Photometrics, Evolve 512) с усилением электронного умножения 250 ADU / фотон, работающим в режиме передачи кадров. Инструмент был автоматизирован с использованием программного обеспечения с открытым исходным кодом micro-manager (https://www.micro-manager.org), а данные отображались с помощью программного обеспечения ImageJ 64,65 .
Микроскоп 2: использовался инвертированный микроскоп IX73 Olympus с лазерными лучами с круговой поляризацией, выровненными и сфокусированными на задней апертуре Olympus 1.40 NA 100 × масляный объектив (Universal Plan Super Apochromat, 100 ×, NA 1.40, UPLSAPO100XO / 1.4). Используемые источники света диодных лазеров с непрерывной длиной волны включают 641 нм (когерентный, CUBE 640–100 C, 100 мВт), 561 нм (Cobolt, Jive 200, 200 мВт) и 405-нм лазер (Stradus, Toptica, 405–100, 100 мВт). Визуализация TIRF и косоугольного освещения выполнялась с использованием идентичных дихроичных зеркал и фильтров излучения. Сигнал излучения проецировался на EMCCD (Photometrics, Evolve 512 Delta) с усилением электронного умножения 250 ADU / фотон, работающий в режиме передачи кадров.Инструмент был автоматизирован с использованием программного обеспечения с открытым исходным кодом micro-manager (https://www.micro-manager.org), а данные отображались с помощью программного обеспечения ImageJ 64,65 .
TIRF-характеристика красителей mEos3.2-HaloTag
Покровные стекла из боросиликатного стекла (VWR Int, 22 × 22 мм) очищали для удаления любых флуоресцентных остатков в очистителе аргоновой плазмы (плазма Харрика) в течение 1 часа. Инкубационные камеры с герметичной рамкой (Bio-rad) прикрепляли к покровному стеклу и 50 мкл 0,1% поли-L-лизина (Sigma Aldrich) добавляли в центр камеры на 30 мин; Затем к покровному стеклу, покрытому поли-L-лизином, добавляли 50 мкл 10 нМ белка на 10-15 мин.Образец трижды промывали 50 мкл фильтрованной (шприц-фильтр 0,2 мкм, Whatman, 6780–1302) воды MilliQ, и изображения флуоресценции, собранные в виде видеозаписей из 500 изображений, при экспозиции 500 мс. Фотопреобразование производилось одиночным импульсом в первом кадре каждого фильма.
Анализ фотофизических параметров
Эксперимент был воспроизведен в лаборатории дважды на Микроскопе 1 и дважды на Микроскопе 2. Хотя все эксперименты показали схожие результаты, мы решили проанализировать наборы данных с Микроскопа 1, записанные в тот же день, чтобы уменьшить возникающие систематические ошибки. от слегка различающихся настроек микроскопа.Мы проанализировали фильмы, собранные в тот же день с микроскопа 1, в которых мы отслеживали 455 и 454 одиночных mEos3.2 и mEos3.2 – JF 646 молекул без Trolox, 990 и 1568 одиночных mEos3.2 и mEos3.2 – JF 646 молекул с 2 мМ Trolox. Учитывая, что 20% одиночных молекул mEos3.2 – JF 646 находились во включенном состоянии значительно дольше, чем одиночные молекулы mEos3.2, это подходящий размер выборки, чтобы продемонстрировать наблюдаемые нами изменения. Все гистограммы были созданы с использованием пакета Origin (OriginLab, Northampton, MA).
Здесь приводится краткое описание программного обеспечения, используемого для анализа данных. Проекция с максимальной интенсивностью первых двух изображений после фотопреобразования использовалась в качестве основы для обнаружения одиночных молекул. К проекции был применен фильтр Лапласа гаусса, и были найдены локальные максимумы. Скрипты для этого доступны на https://github.com/TheLaueLab/blob-detection, а для всех остальных шагов — на https://github.com/TheLaueLab/blink-analysis. Область с центром на каждом пике с пороговым значением> 600 ADU была извлечена из каждого изображения.Эта область состояла из области сигнала 7 на 7 пикселей и окружающей фоновой области шириной 2 пикселя. Отдельные кадры были упрощены до одномерных трасс путем вычитания среднего покадрового фона из соответствующего кадра, а затем взятия среднего значения всех пикселей в этом кадре. Скрытая марковская модель (с использованием пакета python hmmlearn из https://github.com/hmmlearn/hmmlearn) была настроена с четырьмя состояниями: двумя включенными состояниями, одним выключенным и одним обесцвеченным. Переходы были одинаково вероятны между всеми включенными и выключенными состояниями и 1/10 вероятности из любого включенного состояния в обесцвеченное состояние (переход от обесцвеченного состояния был невозможен).Состояния были инициализированы со средним значением 300 ADU для включенного состояния и 0 для выключенного и обесцвеченного состояний, с предварительным весом 1e3, присвоенным среднему состоянию. Модель была обучена на всех следах от определенного флуорофора, и одна и та же обученная модель использовалась для категоризации всех следов.
Общее время в открытом состоянии каждой молекулы было рассчитано путем подсчета количества изображений в открытом состоянии. Мигание было определено как серия последовательных изображений; средняя длина цикла, умноженная на время воздействия, представляет собой время включения, а количество циклов, обнаруженных для конкретной молекулы, представляет собой количество событий переключения.Скорость выключения — это количество миганий, разделенное на общее время включения, а скорость включения — это количество миганий, разделенное на общее время отключения (исключая последний запуск вне кадра, если он продолжался до конец видео).
Наконец, было вычислено полное излучение фотонов для каждого изображения, вычитая среднее значение области фона из области сигнала. Чтобы рассчитать количество испускаемых фотонов на молекулу, общее усиление камеры в аналого-цифровых единицах (ADU) / фотон было определено по формуле (Ур.9)
$$ G _ {{\ rm total}} = \ frac {1} {{G _ {{\ rm camera}}}} \ times G _ {{\ rm EM}} \ times {\ rm QE}, $$
где G камера — это усиление сигнала, присущее EMCCD в единицах ADU / электрон, G EM — это соотношение заряда камеры с усилением и без него, а QE — это коэффициент усиления. квантовая эффективность — способность камеры производить заряд в результате падающего фотона в единицах электрон / фотон. G итого 33.1 ADU / фотон и 35,7 ADU / фотон для микроскопов 1 и 2 соответственно.
Измеренный сигнал ( I ) в единицах электронов был преобразован в испускаемые фотоны ( n ) следующим образом (уравнение 10):
$$ n = \ frac {I} {{G _ {{\ rm total}} \ times {\ rm TE}}}. $$
TE определяется как эффективность передачи всех оптических компонентов на пути излучения прибора и может быть описана формулой (11)
$$ { \ rm TE} = \ eta _ {{\ rm coll}} \ times T \ times \ eta _ {{\ rm EMCCD}}, $$
где η coll — эффективность сбора объектива, T — это пропускание внутренних оптических компонентов микроскопа, а η EMCCD — квантовая эффективность EMCCD 66 .
Культура клеток млекопитающих и генерация линии клеток
ES-клетки культивировали в стандартных условиях сывороточного и мышиного фактора ингибирования лейкемии (mLIF): минимальная необходимая среда Глазго (Sigma-Aldrich G5154), содержащая 100 мМ 2-меркаптоэтанол (Life tech, кат. 21985023), 1 × Minimum Essential Media, незаменимые аминокислоты (Sigma-Aldrich, M7145), 2 мМ L-глутамин (Life tech, кат. 25030024), 1 мМ пируват натрия (Sigma-Aldrich, S8636-100ML), 10% фетальная бычья сыворотка (HyClone FBS, номер партии SZB20006, GE Healthcare Austria SV30180.03) и 10 нг / мл mLIF (предоставлено кафедрой биохимии Кембриджского университета). Их пассировали каждые 2 дня, промывая PBS (Sigma-Aldrich, D8537), добавляя 0,25% трипсин-ЭДТА (Life tech, кат. 25200072) для отделения клеток, а затем промывая в среде перед повторным посевом в свежую среду. Чтобы помочь клеткам прикрепиться к поверхности, планшеты инкубировали в течение 15 мин при комнатной температуре в PBS, содержащем 0,1% желатина (Sigma Aldrich, G1890). Фоновые линии ES-клеток E14tg2a (доступные от Sigma Aldrich, 08021401) были охарактеризованы с помощью количественной ПЦР, RNA-seq, ChIP-seq и анализов активности, и их обычно проверяли на контаминацию микоплазмой и дали отрицательный результат.
ES-клетки, экспрессирующие мышиный CHD4, помеченный на С-конце mEos3.2-HaloTag, были получены путем нокаута на основе CRISPR / Cas9 кассеты, содержащей mEos3.2-HaloTag и ген селекции пуромицина в один аллель CHD4 клетки ES 37 . Затем кассету пуромицина удаляли с использованием рекомбиназы Dre для генерации аллеля CHD4 с помощью слияния с С-концевым mEos3.2-HaloTag. Поскольку нокаут CHD4 является летальным, мы использовали анализы жизнеспособности клеток, чтобы убедиться, что функция меченого CHD4 не пострадала.Линия ES-клеток E14tg2a 67 , экспрессирующая mEos3.2-tagged CENP-A, была ранее описана 59 , но вкратце была создана путем трансфекции плазмиды, экспрессирующей меченый белок, с последующим отбором в 500 мкг / мл генетицина (Life tech , кат.10131019). После 2 недель отбора генетицина клетки сортировали с использованием проточного сортировщика MoFlo (Beckman Coulter), чтобы гарантировать, что они были помечены флуорофором mEos3.2 (возбуждение при 488 нм, испускание при 515 нм). Чтобы проверить наличие одномолекулярного FRET между mEos3.2 или PA-JF 549 и JF 646 на разных белках, векторы, экспрессирующие CENP-A с тегами HaloTag и SNAP, были созданы путем вставки последовательности тегов HaloTag или SNAP в сайт NcoI / XhoI mEos3.2. -tagged вектор CENP-A, описанный выше 59 . Один только белок HaloTag также экспрессировался в том же векторе, что и контроль. Вектор, экспрессирующий гистон h3B с меткой SNAP, ранее был описан 45 .
Визуализация живых клеток и фиксированных клеток млекопитающих с одной молекулой
ES-клетки, экспрессирующие mEos3.CHD4, меченный 2-HaloTag, пассировали за 2 дня перед визуализацией на 35-миллиметровых чашках со стеклянным дном № 1.0 (MatTek Corporation P35G-1.0-14-C Case) в сыворотке без фенолового красного и в условиях mLIF. Непосредственно перед визуализацией, если необходимо, клетки метили 5 мкМ лиганда HaloTag-JF 646 в течение не менее 15 минут с последующими двумя промывками в PBS и 30-минутной инкубацией при 37 ° C в среде перед визуализацией клеток в свежая сыворотка без фенолового красного и условия LIF, содержащие 5 мМ Trolox. Флуоресцентные изображения in vivo собирали в виде видеороликов из 10 000 кадров при экспозиции 500 мс.Непрерывное фотопреобразование было достигнуто с использованием лазера с длиной волны 405 нм при низкой мощности активации ~ 10 Вт / см 2 .
Для отслеживания белкового комплекса ES-клетки, экспрессирующие гистон h3B с меткой SNAP или меченный mEos3.2, HaloTag и CENP-A с меткой SNAP, генерировали путем трансфекции соответствующих векторов экспрессии. Четыре микролитра Lipofectamine® 2000 (Life tech, каталожный 11668027), инкубированных в 100 мкл OPTI-MEM® I Reduced Serum Medium (Thermo Fisher Scientific, каталожный 31985070) в течение 5 минут, добавляли приблизительно к 2–3 мкг раствора. векторы экспрессии, также инкубированные в 100 мкл OPTI-MEM® в течение 5 мин.Затем смесь инкубировали еще в течение 15 мин перед добавлением к ES-клеткам, которые одновременно пассировали на чашки со стеклянным дном 35 мм. Через 2 дня клетки метили с использованием соответствующих лигандов HaloTag, как описано выше для CHD4. Лиганды меток SNAP также были помечены аналогичным образом, но с начальной инкубацией в течение 30 минут до промывки.
FRET был оптимизирован за счет обеспечения избытка акцепторного красителя вокруг донора mEos3.2 или PA-JF 549 . Для FRET между mEos3.2-tagged CENP-A и JF 646 -tagged CENP-A, это было выполнено путем трансфекции 0,4 мкг CENP-A с меткой mEos3.2 или CENP-A с меткой SNAP вместе с 2 мкг CENP-A с меткой HaloTag. А. Для FRET между PA-JF 549 -tagged и JF 646 -tagged CENP-A или PA-JF 549 -tagged и JF 646 -tagged h3B, это было достигнуто путем мечения клеток после трансфекции с 0,2 µM SNAP-tag PA-JF 549 лиганд и 2 µM SNAP-tag JF 646 лиганд. Наконец, для CENP-A / h3B FRET — 1 мкг mEos3.2-меченый CENP-A трансфицировали вместе с 1 мкг SNAP-меченного CENP-A и метили 5 мкМ SNAP-тегом лиганда JF 646 . Клетки, экспрессирующие конструкцию mEos3.2-CENPA, PA-JF 549 -CENP-A или PA-JF 549 -h3B, были идентифицированы по их способности фотоактивировать отдельные молекулы с использованием лазера 405 нм и клеток, помеченных лиганды HaloTag-JF 646 или SNAP tag JF 646 по их локализации в центромерных фокусах или в ядре (для HaloTag-CENP-A или h3B с меткой SNAP, соответственно), как определено с помощью визуализации с использованием лазера с длиной волны 641 нм. (1 кВт / см 2 ).Флуоресцентные изображения фиксированных и живых клеток собирали в виде видеофильмов размером от 3000 до 5000 кадров при экспозиции 500 мс. Фотопреобразование достигалось с использованием 100 мс экспозиции лазера 405 нм каждые 6 с при низкой мощности активации ~ 10 Вт / см 2 . Для фиксации клеток клетки промывали PBS, фиксировали при комнатной температуре в PBS, содержащем 4% формальдегид, в течение 15 минут, снова промывали в PBS и затем ресуспендировали в PBS, содержащем 5 мМ Trolox.
Обработка и анализ изображений клеток млекопитающих
Фильмы живых клеток и фиксированных клеток одиночных молекул были проанализированы с использованием программного обеспечения Rapidstorm, которое определяет локализации одиночных молекул из фильмов PALM 68 , после использования коррекции фона катящегося шара изображения с радиусом 5 пикселей.Были проанализированы только флуоресцентные точки шириной менее 5 или 3 пикселей (для микроскопов 1 и 2 соответственно) и с фиксированным глобальным порогом выше 25000. Чтобы отслеживать отдельные молекулы CHD4, CENP-A или h3B, мы использовали специальный код для соединения локализаций отдельных молекул и извлечения длины их траекторий (сценарий можно найти на https://github.com/TheLaueLab/trajectory-analysis) . Флуоресцентные точки считались одной и той же молекулой, если они находились в пределах 100 нм между кадрами, потому что мы не ожидаем увидеть более высокие коэффициенты диффузии для связанного h3B / CENP-A / CHD4.Молекулы все еще были связаны, если они не были обнаружены в течение 1 кадра, чтобы уменьшить вероятность того, что молекулы на короткое время упадут ниже порога отношения сигнал-шум. Траектории меньше трех локализаций отбрасываются, чтобы снизить вероятность обнаружения шума. Средняя интенсивность этих траекторий также была извлечена для расчетов эффективности FRET — мы игнорируем первый и последний кадры, потому что молекула могла не флуоресцировать на всех этих кадрах. Изображения одиночных молекул, представленные на рис.4 были сгенерированы с использованием Peak Fit, так что локализации представляют точность, с которой они были локализованы 69 . Точность локализации была рассчитана после анализа Rapidstorm путем подбора гистограммы парных расстояний до ближайших соседей 70 .
Для отслеживания живых клеток односвязанных молекул CHD4, эксперимент был воспроизведен дважды на Микроскопе 1 и один раз на Микроскопе 2. Мы снова решили проанализировать наборы данных с Микроскопа 1, записанные в тот же день, чтобы уменьшить систематические ошибки, возникающие из-за слегка отличающихся микроскопов выравнивания.Мы собрали 772 и 539 траекторий одиночных молекул из фильмов одиночных молекул с mEos3.2- и mEos3.2 – JF 646 -меченых молекул CHD4, соответственно (обычно в каждом фильме изучались две клетки). Учитывая, что 10–30% отдельных молекул mEos3.2 – JF 646 находились во включенном состоянии дольше, чем отдельные молекулы mEos3.2, это подходящий размер выборки, чтобы продемонстрировать наблюдаемые нами изменения.
Для анализа близости белка FRET CENP-A было собрано больше траекторий, потому что mEos3 относительно мало.Предполагалось, что молекулы с двумя метками будут находиться рядом с молекулами с меткой JF 646 . Эксперимент был воспроизведен один раз на Микроскопе 1 и дважды на Микроскопе 2, и мы проанализировали один из наборов данных из Микроскопа 2, в котором мы собрали 17 953, 17 288 и 21 018 траекторий из фильмов с одной молекулой mEos3.2-CENP-A, mEos3. .2-CENP-A / JF 646 -CENPA и mEos3.2-CENP-A / JF 646 -h3B, соответственно (обычно в каждом фильме изучались четыре клетки). Учитывая, что ~ 0,1–1% mEos3.2 молекулы в присутствии помеченных JF 646 молекул находились во включенном состоянии дольше, чем отдельные молекулы mEos3.2, это подходящий размер выборки, чтобы продемонстрировать наблюдаемые нами изменения.
Для анализа близости h3B FRET эксперимент был воспроизведен дважды на микроскопе 2, и мы проанализировали один из наборов данных, в которых мы собрали 2114 и 3970 траекторий из фильмов с одной молекулой PA-JF 549 -h3B и PA-JF 549 -h3b / JF 646 -h3B соответственно (обычно в каждом фильме изучались четыре клетки).Учитывая, что 10% молекул PA-JF 549 в присутствии молекул с меткой JF 646 находились во включенном состоянии более 1% от единичных молекул PA-JF 549 , это подходящий размер образца. чтобы продемонстрировать наблюдаемые нами изменения. Траектории длиннее 1% одиночных молекул PA-JF 549 были идентифицированы и окрашены в синий цвет. Эффективность FRET рассчитывалась с использованием средней интенсивности молекул, меченных одним PA-JF 549 . Карты плотности шириной 2 пикселя (312 нм) были созданы, чтобы показать количество молекул, обнаруженных в пределах области, и была ли средняя длина трека ниже (желтый) или выше 12 с (синий), с доверительным интервалом 1%, установленным таким образом, что существует 1% -ная вероятность того, что молекулы, помеченные PA-JF 549 , имеют длину трека более 12 с.
Доступность данных
Наборы данных, созданные и проанализированные в ходе текущего исследования, доступны у авторов по запросу.
Доступность кода
Программное обеспечение, используемое для фотофизического анализа in vitro и отслеживания живых клеток, можно найти на https://github.com/TheLaueLab/blink-analysis и https://github.com/TheLaueLab/trajectory-analysis , соответственно. Другое используемое программное обеспечение включает микро-менеджер программного обеспечения с открытым исходным кодом (https://www.micro-manager.org), ImageJ64,65, Rapidstorm68 и PeakFit69.
Определение стехиометрии макромолекулярных комплексов в живых клетках с использованием FRET
Чжун, Х., Молдей, Л. Л., Молдей, Р. С. и Яу, К. У. Гетеромерный канал, управляемый циклическими нуклеотидами, принимает стехиометрию 3A: 1B. Nature 420 , 193–198 (2002).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Коул, Дж. Л., Лэри, Дж. У., Т., П. М. и Лауэ, Т. М. Аналитическое ультрацентрифугирование: скорость седиментации и равновесие седиментации. Meth. Cell Biol. 84 , 143–179 (2008).
CAS Статья Google ученый
Wiseman, T., Williston, S., Brandts, J. F. и Lin, L. Быстрое измерение констант связывания и теплоты связывания с использованием нового калориметра для титрования. Анал. Биохим. 179 , 131–137 (1989).
CAS Статья Google ученый
Эрнандес, Х.И Робинсон, К. В. Определение стехиометрии и взаимодействий макромолекулярных сборок с помощью масс-спектрометрии. Nat. Protoc. 2 , 715–726 (2007).
CAS Статья Google ученый
Catterall, W. A. & Zheng, N. Расшифровка потенциалзависимых каналов Na + и Ca 2+ путем изучения предков прокариот. Trends Biochem. Sci. 40 , 526–534 (2015).
CAS Статья Google ученый
Кобертц, В. Р. Стехиометрия сердечного комплекса ИК. Proc. Natl Acad. Sci. США 111 , 5065–5066 (2014).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Бен-Джонни, М. и Юэ, Д. Т. в справочнике по ионным каналам (ред. М. Трюдо и Дж. Чжэн), гл. 35, 519-530 (Тейлор и Фрэнсис, 2015).
Ван Петегем, Ф., Лобо, П. А. и Ахерн, К. А. Взгляд на лес сквозь деревья: к единому взгляду на физиологическую регуляцию кальцием потенциал-управляемых натриевых каналов. Biophys. J. 103 , 2243–2251 (2012).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Эриксон, М. Г., Алсейхан, Б. А., Петерсон, Б. З. и Юэ, Д. Т. Преассоциация кальмодулина с потенциал-зависимыми Ca (2+) каналами, выявленными FRET в отдельных живых клетках. Нейрон 31 , 973–985 (2001).
CAS Статья Google ученый
Peterson, B.Z., DeMaria, C.D., Adelman, J.P. & Yue, D.T. Кальмодулин является датчиком Ca 2+ для Ca 2+ -зависимой инактивации кальциевых каналов L-типа. Нейрон 22 , 549–558 (1999).
CAS Статья Google ученый
Zuhlke, R.D., Pitt, G. S., Deisseroth, K., Tsien, R. W. и Reuter, H. Кальмодулин поддерживает как инактивацию, так и облегчение кальциевых каналов L-типа. Nature 399 , 159–162 (1999).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Qin, N., Olcese, R., Bransby, M., Lin, T. & Birnbaumer, L. Индуцированное Ca 2+ ингибирование сердечного канала Ca 2+ зависит от кальмодулина. Proc.Natl Acad. Sci. США 96 , 2435–2438 (1999).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Wang, H. G., George, M. S., Kim, J., Wang, C. & Pitt, G. S. Ca 2+ / кальмодулин регулирует передачу Ca2 + каналов CaV1.2 в культивируемых нейронах гиппокампа. J. Neurosci. 27 , 9086–9093 (2007).
CAS Статья Google ученый
Холл, Д.D. et al. Конкуренция между альфа-актинином и Ca 2+ -кальмодулином контролирует удерживание на поверхности канала Ca 2+ Ca 2+ на поверхности CaV1.2. Нейрон 78 , 483–497 (2013).
CAS Статья Google ученый
млн лет назад, H. et al. gammaCaMKII доставляет Ca 2+ / CaM к ядру, чтобы запустить фосфорилирование CREB и экспрессию гена. Cell 159 , 281–294 (2014).
CAS Статья Google ученый
Oliveria, S. F., Dell’Acqua, M. L. & Sather, W. A. AKAP79 / 150 заякоривание кальциневрина контролирует нейрональную активность канала Ca 2+ и ядерную сигнализацию L-типа. Нейрон 55 , 261–275 (2007).
CAS Статья Google ученый
Мори, М. X., Эриксон, М. Г. и Юэ, Д.T. Функциональная стехиометрия и локальное обогащение кальмодулина, взаимодействующего с Ca 2+ каналами. Наука 304 , 432–435 (2004).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Fallon, J. L. et al. Кристаллическая структура димерных регуляторных доменов сердечных кальциевых каналов L-типа, соединенных кальмодулинами Ca 2+ . Proc. Natl Acad. Sci. США 106 , 5135–5140 (2009).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Kim, E. Y. et al. Множественные C-концевые хвосты Ca 2+ / CaM регулируют функцию CaV1.2, но не опосредуют димеризацию каналов. EMBO j. 29 , 3924–3938 (2010).
CAS Статья Google ученый
Майнор, Д. Л. Младший и Финдейзен, Ф. Прогресс в структурном понимании функции и модуляции потенциал-управляемых кальциевых каналов (CaV). Каналы 4 , 459–474 (2010).
Артикул Google ученый
Mori, M. et al. Новое взаимодействие потенциал-зависимого натриевого канала (VDSC) с кальмодулином: приобретает ли VDSC опосредованную кальмодулином чувствительность к Ca 2+ ? Биохимия 39 , 1316–1323 (2000).
CAS Статья Google ученый
Бисвас, С.и другие. Регулирование тока Nav1.4 кальмодулином: роль связывания с карбоксильным концом. J. Gen. Physiol. 131 , 197–209 (2008).
CAS Статья Google ученый
Селвин П. Р. Флуоресцентный резонансный перенос энергии. Methods Enzymol. 246 , 300–334 (1995).
CAS Статья Google ученый
Форстер, Т.Zwischenmolekulare Energiewanderung и Fluoresczenz. Ann. Phys. 2 , 57–75 (1948).
Google ученый
Страйер, Л. Перенос энергии флуоресценции как спектроскопическая линейка. Annu. Rev. Biochem. 47 , 819–846 (1978).
CAS Статья Google ученый
Tsien, R.Y. Индикаторы на основе флуоресцентного резонансного переноса энергии (FRET). Cold Spring Harb. протокол. 7 , pdb top57 (2009 г.).
Google ученый
Wouters, F. S., Verveer, P. J. & Bastiaens, P. I. Визуализация биохимии внутри клеток. Trends Cell Biol. 11 , 203–211 (2001).
CAS Статья Google ученый
Клегг Р. М. Флуоресцентный резонансный перенос энергии и нуклеиновые кислоты. Methods Enzymol. 211 , 353–388 (1992).
CAS Статья Google ученый
Чен, Х., Пуль, Х. Л. 3-й, Кушик, С. В., Фогель, С. С. и Икеда, С. Р. Измерение эффективности FRET и отношения концентрации донора к акцептору в живых клетках. Biophys. J. 91 , L39 – L41 (2006).
CAS Статья Google ученый
Хоппе, А., Кристенсен, К. и Свансон, Дж. А. Стехиометрия на основе флуоресцентного резонансного переноса энергии в живых клетках. Biophys. J. 83 , 3652–3664 (2002).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Zeug, A., Woehler, A., Neher, E. & Ponimaskin, E.G. Количественные подходы FRET, основанные на интенсивности — сравнительный снимок. Biophys. J. 103 , 1821–1827 (2012).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Зал, Т.И Гаскойн, Н.Р. Эффективность FRET-визуализации живых клеток с поправкой на фотообесцвечивание. Biophys. J. 86 , 3923–3939 (2004).
CAS Статья Google ученый
Гордон, Г. В., Берри, Г., Лян, X. Х., Левин, Б. и Герман, Б. Количественные измерения флуоресцентного резонансного переноса энергии с использованием флуоресцентной микроскопии. Biophys. J. 74 , 2702–2713 (1998).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Надь, П., Вамози, Г., Боднар, А., Локетт, С. Дж. И Соллози, Дж. Измерения передачи энергии на основе интенсивности в цифровой микроскопии с визуализацией изображений. Eur. биофиз. j. 27 , 377–389 (1998).
CAS Статья Google ученый
Wlodarczyk, J. et al. Анализ сигналов FRET в присутствии свободных доноров и акцепторов. Biophys. J. 94 , 986–1000 (2008).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Райку, В.Эффективность резонансной передачи энергии в гомоолигомерных комплексах белков. J. Biol. Phys. 33 , 109–127 (2007).
CAS Статья Google ученый
Лю, Дж., Тейлор, Д. В., Кременцова, Э. Б., Трибус, К. М. и Тейлор, К. А. Трехмерная структура ингибированного состояния миозина V по данным криоэлектронной томографии. Nature 442 , 208–211 (2006).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Бен-Джонни, М., Yang, P. S., Bazzazi, H. & Yue, D. T. Динамическое переключение взаимодействий кальмодулина лежит в основе регуляции Ca 2+ каналов CaV1.3. Nat. Commun. 4 , 1717 (2013).
Артикул Google ученый
Мартин С. Р. и Бейли П. М. Регуляторные последствия нового способа взаимодействия кальмодулина с последовательностью-мишенью с двойным IQ-мотивом из разбавленного мышиного миозина V. Protein Sci. 11 , 2909–2923 (2002).
CAS Статья Google ученый
Бен-Джонни, М. и Юэ, Д. Т. Регулирование кальмодулина (вычисление) потенциал-управляемых кальциевых каналов. J. Gen. Physiol. 143 , 679–692 (2014).
CAS Статья Google ученый
Findeisen, F., Rumpf, C.H. & Minor, D. L. Jr. Состояния апо кальмодулина и CaBP1 контролируют функцию потенциалзависимого кальциевого канала CaV1 посредством прямой конкуренции за домен IQ. J. Mol. Биол. 425 , 3217–3234 (2013).
CAS Статья Google ученый
Блэк, Д. Дж. И др. Взаимодействие кальмодулина с пептидами IQ из потенциалзависимых кальциевых каналов. Am. J. Physiol. Cell Physiol. 288 , C669 – C676 (2005).
CAS Статья Google ученый
Ben-Johny, M. et al.Сохранение регуляции Ca 2+ / кальмодулина через каналы Na и Ca 2+ . Cell 157 , 1657–1670 (2014).
CAS Статья Google ученый
Ulbrich, M. H. & Isacoff, E. Y. Подсчет субъединиц в мембраносвязанных белках. Nat. Методы 4 , 319–321 (2007).
CAS Статья Google ученый
Роллинз, Г.К., Шин, Дж. Ю., Бустаманте, К. и Пресс, С. Стохастический подход к проблеме молекулярного счета в микроскопии сверхвысокого разрешения. Proc. Natl Acad. Sci. США 112 , E110 – E118 (2015).
CAS Статья Google ученый
Zheng, J. & Zagotta, W. N. Стехиометрия и сборка обонятельных циклических каналов, управляемых нуклеотидами. Нейрон 42 , 411–421 (2004).
CAS Статья Google ученый
Шуарт, Н.Г., Хайтин, Ю., Кэмп, С., Блэк, К. Д., Заготта, В. Н. Молекулярный механизм стехиометрии субъединиц 3: 1 стержневых циклических нуклеотид-управляемых ионных каналов. Nat. Commun. 2 , 457 (2011).
ADS Статья Google ученый
Дигман, М. А., Вайзман, П. В., Чой, К., Хорвиц, А. Р. и Граттон, Э. Стехиометрия молекулярных комплексов при адгезиях в живых клетках. Proc. Natl Acad. Sci.США 106 , 2170–2175 (2009).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Чен, Ю. и Мюллер, Дж. Д. Определение стехиометрии белковых гетерокомплексов в живых клетках с помощью флуоресцентной флуктуационной спектроскопии. Proc. Natl Acad. Sci. США 104 , 3147–3152 (2007).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Капанидис, А.N. et al. Сортировка молекул с помощью флуоресценции: анализ структуры и взаимодействий с помощью переменного лазерного возбуждения отдельных молекул. Proc. Natl Acad. Sci. США 101 , 8936–8941 (2004).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Bharill, S., Fu, Z., Palty, R. & Isacoff, E. Y. Стехиометрия и специфическая сборка ионных каналов Best. Proc. Natl Acad. Sci. США 111 , 6491–6496 (2014).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Кейн Диксон, В., Педи, Л. и Лонг, С. Б. Структура и понимание функции канала Cl —, активированного Ca 2+ . Природа 516 , 213–218 (2014).
ADS Статья Google ученый
Penna, A. et al. Канал CRAC состоит из тетрамера, образованного Stim-индуцированной димеризацией димеров Orai. Nature 456 , 116–120 (2008).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Hou, X., Pedi, L., Diver, M. & Long, S. B. Кристаллическая структура кальциевого кальциевого канала Orai. Наука 338 , 1308–1313 (2012).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Арант Р.Дж. И Ульбрих, М. Х. Расшифровка субъединичного состава мультимерных белков путем подсчета шагов фотообесцвечивания. Chemphyschem 15 , 600–605 (2014).
CAS Статья Google ученый
Nagy, P. et al. Оценка максимального правдоподобия эффективности FRET и ее влияние на искажения при попиксельном вычислении FRET в микроскопии. Cytometry A 85 , 942–952 (2014).
Артикул Google ученый
Райку В. и Сингх Д. Р. Спектрометрия FRET: новый инструмент для определения четвертичной структуры белка в живых клетках. Biophys. J. 105 , 1937–1945 (2013).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Ян, П. С., Джонни, М. Б. и Юэ, Д. Т. Аллостерия в модуляции канала Ca 2+ с помощью кальций-связывающих белков. Nat. Chem. Биол. 10 , 231–238 (2014).
CAS Статья Google ученый
Паттерсон, Г. Х., Пистон, Д. В. и Барисас, Б. Г. Расстояния Форстера между парами зеленых флуоресцентных белков. Анал. Биохим. 284 , 438–440 (2000).
CAS Статья Google ученый
Эриксон, М.Г., Мун, Д.L. & Yue, D. T. DsRed как потенциальный партнер FRET с CFP и GFP. Biophys. J. 85 , 599–611 (2003).
CAS Статья Google ученый
Nagai, T. et al. Вариант желтого флуоресцентного белка с быстрым и эффективным созреванием для клеточно-биологических применений. Nat. Biotechnol. 20 , 87–90 (2002).
CAS Статья Google ученый
Шайба, A.Х., Тирадо-Ли, Л. и Пракрия, М. Структурные и функциональные механизмы регуляции канала CRAC. J. Mol. Биол. 427 , 77–93 (2015).
CAS Статья Google ученый
Тадросс, М. Р., Дик, И. Э. и Юэ, Д. Т. Механизм локального и глобального зондирования Ca 2+ кальмодулином в комплексе с каналом Ca 2+ . Cell 133 , 1228–1240 (2008).
CAS Статья Google ученый
Адамс, П.J., Ben-Johny, M., Dick, I.E., Inoue, T. & Yue, D. T. Сам по себе апокальмодулин способствует открытию ионных каналов и регуляции Ca (2+). Cell 159 , 608–622 (2014).
CAS Статья Google ученый
Dixon, R.E. et al. Градиентная Ca 2+ / кальмодулин-зависимая связь потенциал-зависимых каналов CaV1.2. eLife 4 , e05608 (2015).
Артикул Google ученый
Кротти, Л.и другие. Мутации кальмодулина, связанные с повторяющейся остановкой сердца у младенцев. Тираж 127 , 1009–1017 (2013).
CAS Статья Google ученый
Miyawaki, A. et al. Флуоресцентные индикаторы для Ca 2+ на основе зеленых флуоресцентных белков и кальмодулина. Nature 388 , 882–887 (1997).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Надь, А., Пищек, Г. и Селлерс, Дж. Р. Расширяемость расширенного хвостового домена процессивных и непроцессивных молекул миозина V. Biophys. J. 97 , 3123–3131 (2009).
CAS ОБЪЯВЛЕНИЯ Статья Google ученый
Erickson, M. G., Liang, H., Mori, M. X. & Yue, D. T. Двухгибридное картирование FRET выявляет функцию и местоположение преассоциации Ca 2+ канала CaM L-типа. Нейрон 39 , 97–107 (2003).
CAS Статья Google ученый
Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности. Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.
Настройка вашего браузера для приема файлов cookie
Существует множество причин, по которым cookie не может быть установлен правильно. Ниже приведены наиболее частые причины:
- В вашем браузере отключены файлы cookie.Вам необходимо сбросить настройки своего браузера, чтобы он принимал файлы cookie, или чтобы спросить вас, хотите ли вы принимать файлы cookie.
- Ваш браузер спрашивает вас, хотите ли вы принимать файлы cookie, и вы отказались. Чтобы принять файлы cookie с этого сайта, нажмите кнопку «Назад» и примите файлы cookie.
- Ваш браузер не поддерживает файлы cookie. Если вы подозреваете это, попробуйте другой браузер.
- Дата на вашем компьютере в прошлом. Если часы вашего компьютера показывают дату до 1 января 1970 г., браузер автоматически забудет файл cookie.Чтобы исправить это, установите правильное время и дату на своем компьютере.
- Вы установили приложение, которое отслеживает или блокирует установку файлов cookie. Вы должны отключить приложение при входе в систему или проконсультироваться с системным администратором.
Почему этому сайту требуются файлы cookie?
Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу. Чтобы предоставить доступ без файлов cookie потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.
Что сохраняется в файле cookie?
Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в cookie; никакая другая информация не фиксируется.
Как правило, в файлах cookie может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта. Например, сайт не может определить ваше имя электронной почты, пока вы не введете его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступа к остальной части вашего компьютера, и только сайт, который создал файл cookie, может его прочитать.
% PDF-1.4 % 182 0 объект > эндобдж 181 0 объект > поток StampPDF Batch 2.7 для Solaris — SPDF 10452009-02-10T14: 32: 48Z2021-03-09T18: 03: 27-08: 002021-03-09T18: 03: 27-08: 00XPPapplication / pdf
uuid: 2ef7abbc-1dd2-11b2-0a00-d70927bd7700uuid: 2ef7abc0-1dd2-11b2-0a00-0000000
Публикации | Университет штата Южная Дакота
Publications
Lou, J., Low-Nam, S., Kerkvliet, J. и Hoppe, AD , (2014) «Доставка CSF-1R в просвет макропиносом способствует его распространению. разрушение в макрофагах.»J. Cell Sci. (На пересмотре).
Sheng, Z., Ran Z., Wang, D., Hoppe, AD , Simonson, R., Chakravarty, S., Hause, BM, Li, F ., «Геномная и эволюционная характеристика нового гриппа-C-подобного вируса свиней». (2013, In Press, Epub перед печатью). Arch. Virol.
Hoppe, AD , Scott, BL, Welliver, TP, Straight, SW, Swanson, JA 2013. N-Way FRET Microscopy множественных белок-белковых взаимодействий в живых клетках. PLOS one. 8 (6): e64760
Lin, J.и Hoppe, A. D. (2013) «Равномерное освещение TIRF делает возможным FRET микроскопию живых клеток». Микроскопия и микроанализ. 19 (2): 350-9 (Бумага года)
Hause BM, Ducatez, M., Collin, EA, Ran, Z., Lui, R., Sheng, Z., Armein, A., Kaplan, B., Chakravarty, S., Hoppe, AD , Webby, RJ, Simonson, RR, Li, F., (2013) «Выделение нового вируса гриппа свиней из Оклахомы в 2011 году, который отдаленно связан с человеческим гриппом C вирусы «Патогены PLoS. 9 (2): e1003176.DOI: 10.1371
Бреннер, М. Х., Кай, Д., Николс, С. Р., Стрейт, С. У., Хоппе А. Д. ., Суонсон, Дж. А., Огилви, Дж. П. (2012). Многофотонная FRET-микроскопия с формированием импульсов. SPIE 1; 8226.
Baruah, M. Huntimer, ED Mahmoud, S. A. Hoppe, AD Halaweish, F. (2012) Флуоресцентный хемосенсор на основе T Selective BODIPY для визуализации иона Pb2 + в живых клетках.Tetrahedron Letters 53 (33) 4273-4275 .
Zhang, Y., Hoppe, A. D. , Swanson, J.A., (2010). Координация передачи сигналов рецептора Fc регулирует клеточную приверженность фагоцитозу. Natl. Акад. Sci. 107 (45): 19332-19337.
Sun, X., Fontaine, JM, Hoppe, AD , Carra S., DeGuzman C., Martin JL, Simon S., Vicart P., Welsh MJ, Landry J., Benndorf R., (2010) .Аномальное взаимодействие связанных с моторной нейропатией мутантных форм HspB8 (Hsp22) с РНК-геликазой Ddx20 (gemin3). 15 (5): 567-82.
Бимиллер, П., Чжан, Ю., Мохан, С., Левинсон, Дж., Гаэта, И., Хоппе, А. Д. , Суонсон, Дж. А. (2010). Цикл активации Cdc42, координируемый PI 3-киназой во время фагоцитоза, опосредованного рецептором Fc. Мол. Биол. Клетка. 21, 3: 470-480
Полный текст
Mehta, K., Hoppe, AD , Kainkaryam, R., Woolf, P., Linderman, J. J., (2009). Вычислительный подход к выводу сродства связывания клеточного белка на основе количественной визуализации флуоресцентного резонансного переноса энергии. Proteomics 9: 5371-5383.
Полный текст
Hogue, I.Б., Хоппе А. Д., Оно, А. Количественный анализ с помощью FRET-микроскопии взаимодействия Gag-Gag ВИЧ-1: относительные вклады доменов CA и NC и связывание с мембраной. J. Virol. 83: 7322-7336.
Полный текст
Йошида, С., Хоппе, А. Д. , Араки, Н., Суонсон Дж. А., (2009). Последовательная передача сигналов в доменах плазматической мембраны во время образования макропинсом в макрофагах. J. Cell. Sci. 122: 3250-3261.
Полный текст
Hoppe, A. D. Seveau, S., Swanson, J.А. (2009). Флуоресцентная микроскопия живых клеток для изучения микробного патогенеза. Cell Microbio. 4: 540-50.
Full Text
Hoppe, AD , Shorte, SL, Swanson, JA, Heintzmann, R. (2008. Реконструктивная микроскопия 3D-FRET для анализа динамических молекулярных взаимодействий в живых клетках. Biophys. J. 95: 400-418)
Полный текст
Monastyrska, I., He, C., Geng, J., Hoppe, AD, Zhijian, L., Klionsky, DJ, (2008). Arp2 связывает аутофагические механизмы с актиновым цитоскелетом.Мол. Биол. Cell 19 (5): 1962–1975
Полный текст
Simon, S, Fontaine, JM, Martin, JL, Sun, X., Hoppe AD , Welsh, MJ, Benndorf, R., Vicart, P. ( 2007). Связанные с миопатией мутанты {альфа} B-кристаллина: аномальное фосфорилирование, внутриклеточное расположение и взаимодействия с другими небольшими белками теплового шока. J Biol Chem. 23 ноября 2007 г .; 282 (47): 34276-87.
Полный текст
Seveau S., Tham T. N., Payrastre B., Hoppe A. D. , Swanson J. A., Коссарт П. (2007). Анализ FRET для выяснения роли холестерина в активации Rac1 и PI 3-киназы в сигнальном пути InlB / Met. Cell Microbiol 9 (3) 790-80
Полный текст
Cai, D. Hoppe, AD , Swanson, JA, Verhey, KJ, (2007) Структурная организация кинезина-1 и изменения конформации, выявленные стехиометрией FRET в Живые клетки , J. Cell Biol. 176 (1): 51-63
Полный текст
Fontaine, J.M., Sun, X., Hoppe, A.Д. , Саймон С., Викарт П., Уэлш М. Дж. И Бенндорф Р. (2006). Аномальные взаимодействия малых белков теплового шока с участием мутантов HSP22, ассоциированных с нейропатией (HSPB8). FASEB J. , 20: 2168-2170
Полный текст
Hoppe, A. ., Swanson, J.A., and Shorte, S.L. (2006). Трехмерная FRET-микроскопия. Proc. SPIE 6089 , 608904. (приглашены, не рецензируются)
Полный текст
Бимиллер, П., Хоппе, А. Д. , и Суонсон, Дж.А., (2006). Зависимый от фосфатидилинозитол-3-киназы сигнальный переход регулирует ARF1 и ARF6 во время фагоцитоза, опосредованного рецептором Fc. PLoS Biology 4 (6): e162.
Полный текст
Шонесси Л., Хоппе А. Д. , Кристенсен К. А. и Суонсон Дж. А. (2006). Перфорация мембраны ингибирует слияние лизосом за счет изменения pH и кальция в вакуолях Listeria monocytogenes . Cell. Microbiol. 8 (5): 781-92.
Полный текст
Swanson J.А. и Хоппе, А. Д. (2004). Координация передачи сигналов при фагоцитозе, опосредованном Fc-рецептором. J Leuk. Биол. (76 (6): 1093-103).
Полный текст
Маттейсес А., Хоппе А. Д., и Аксельрод Д. А. (2004). Поляризованная флуоресцентная резонансная микроскопия с переносом энергии. Biophys J . 87, 2787-2797.
Полный текст
Хоппе, А. Д. и Суонсон, Дж. А. (2004). Cdc42, Rac1 и Rac2 демонстрируют отчетливые паттерны активации во время фагоцитоза. Мол. Биол. Клетка. 15 (8), 3509-19.
Полный текст
Генри Р., Хоппе А. Д. , Джоши Н. и Суонсон Дж. А. (2004). Равномерность созревания фагосом в макрофагах. J. Cell Biol. 164 (2), 185-94.
Полный текст
Hoppe, A . D. , Christensen, K., and Swanson, J. A. (2002). Стехиометрия на основе флуоресцентного резонансного переноса энергии в живых клетках. Biophys J. 83 , 3652-3664.
Полный текст
Марлоу, Р.Л., Хоппе, А . Д. , Рупрехт А. и Ли С. А. (1999). Посредничество фазового перехода в пленках гиалуроната противоионами Li, Cs, Mg и Ca, наблюдаемыми с помощью инфракрасной спектроскопии, оптической микроскопии и оптического двойного лучепреломления. J Biomol Struct Dyn 17 , 607-616.
Приглашенные главы книги:
Hoppe, A. D. (2007) «Количественная FRET-микроскопия в живых клетках» в визуализации клеточной и молекулярной биологической функции, (ред. Frischknecht, F.and Shorte, S.L) Pub. Springer-Verlog
UNC2170 (малеат) — C14h31BrN2O • C4h5O4
МиссияCayman Chemical — помочь сделать исследования возможными, предоставив ученым во всем мире базовые инструменты исследования, необходимые для улучшения здоровья людей и животных. Нашим максимальным обязательством перед исследователями в области здравоохранения является предложение продуктов высочайшего качества по доступной ценовой политике.
Наши ученые являются экспертами в синтезе, очистке и характеристике биохимических веществ, от небольших гетероциклов, подобных лекарствам, до сложных биолипидов, жирных кислот и многих других.Мы также обладаем высокой квалификацией во всех аспектах анализа и разработки антител, экспрессии белков, кристаллизации и определения структуры.
За последние тридцать лет на Каймановых островах накопилась обширная база знаний в области биохимии липидов, включая исследования, касающиеся каскада арахидоновой кислоты, инозитолфосфатов и каннабиноидов. Эти знания позволили производить реагенты исключительного качества для лечения рака, окислительного повреждения, эпигенетики, нейробиологии, воспалений, метаболизма и многих дополнительных направлений исследований.
Наши химики-органики и аналитики специализируются на быстрой разработке производственных процессов и аналитических методов для осуществления клинического и коммерческого производства GMP-API. В настоящее время ведутся доклинические исследования лекарств в областях восстановления и восстановления костей, мышечной дистрофии, онкологии и воспалений. Отдельная группа ученых с докторской степенью занимается предоставлением услуг по обнаружению и профилированию эпигенетических целей. Мы можем нанять наших опытных химиков для выполнения полного анализа проб аналитов, измеряемых в большинстве наших анализов.Мы также предлагаем широкий спектр аналитических услуг с использованием ЖХ-МС / МС, ВЭЖХ, ГХ и многих других методов.
Аккредитация
ISO / IEC 17025: 2005
ISO Guide 34: 2009
Cayman является лидером в области новых наркотиков, вызывающих злоупотребление, предоставляя высокочистые контролируемые вещества Списка I-V лабораториям, имеющим федеральные лицензии, и квалифицированным академическим исследовательским учреждениям для проведения судебно-медицинских анализов. Мы сертифицированы Службой аккредитации ACLASS с двойной аккредитацией по ISO / IEC 17025: 2005 и ISO Guide 34: 2009.
.